Proleksis enciklopedija zasniva se ponajprije na tiskanom izdanju Opće i nacionalne enciklopedije u 20 knjiga koje je, uz leksikografsku potporu Leksikografskoga zavoda Miroslav Krleža, izradila tvrtka PRO LEKSIS. Glavni urednik toga izdanja Antun Vujić i dio okupljenih suradnika, uz raniji leksikografski rad, imali su i značajno iskustvo izrade prvoga hrvatskoga nacionalnoga leksikona u samostalnoj Hrvatskoj, a koji je objavila Naklada Leksikon, također u suradnji sa Zavodom (Hrvatski leksikon, 1. sv. 1996; 2. sv. 1997). Knjige Opće i nacionalne enciklopedije izlazile su kontinuirano od 2005. do 2007. (s dopunskom 21. knjigom, 2009). Izlaskom svih tih enciklopedijskih knjiga ostvareni su enciklopedijsko-leksikografski resursi koji obuhvaćaju šezdesetak tisuća članaka, odrednica i natuknica.

Nakon objavljivanja Opće i nacionalne enciklopedije u tiskovnom obliku, mogućnost i potreba prelaska enciklopedije na elektronički medij značili su logičan nastavak početne ideje. Tako je izrađeno i DVD izdanje (2009), a zatim i eksperimentalno mrežno izdanje Proleksis enciklopedije, u suradnji s CARNetom, za korisnike te Hrvatske akademske i istraživačke mreže. Kroz godinu dana rada to se izdanje usavršivalo informatički i sadržajno. Dogovorom između tvrtke PRO LEKSIS i Leksikografskoga zavoda Miroslav Krleža koncem 2010. godine odlučeno je da daljnju brigu o uređivanju i izdavanju Proleksis enciklopedije preuzme Zavod, te su Zavodu prenesena i sva izdavačka prava, bez naknade. Proleksis enciklopedija postala je tako jedno od mrežnih izdanja Leksikografskoga zavoda Miroslav Krleža, središnje hrvatske leksikografske ustanove. Godine 2021., kad su zadnji put ažurirani stari i objavljeni novi članci, Proleksis enciklopedija postala je jednim od zavodskih arhivskih izdanja.